Desde muito jovem João Paulo sempre ajudou a organizar ações coletivas em defesa da justiça social. Participou das Comunidades Eclesias de Base em Osasco, fazendo parte da Pastoral da Juventude e do grupo de jovens da comunidade do KM 18.

Metalúrgico trabalhou na Cobrasma e ajudou a organizar o Sindicato dos Metalúrgicos de Osasco, para defender os direitos dos trabalhadores, melhores salários e condições de emprego.

Foram mais de 30 anos contínuos de atuação parlamentar desde que venceu sua primeira eleição em 1982, para vereador em Osasco – um dos primeiros políticos eleitos pelo PT.
Na Câmara Municipal, cumpriu um mandato marcado pela constante fiscalização dos atos do Executivo e pela defesa e estímulo à participação popular. Com seu empenho, surgiram nessa época na cidade os primeiros movimentos sociais por moradia, saúde e transportes públicos.

Em 1990, foi eleito deputado estadual e, já no primeiro ano do mandato, foi escolhido Líder da bancada do PT na Assembleia Legislativa de São Paulo. Destacou-se por exercer uma liderança de oposição propositiva, democrática e transparente.  Sua ótima capacidade de articulação e diálogo foi empenhada na defesa de mais qualidade de vida para os paulistas de todo o estado.

Eleito deputado federal pela primeira vez em 1994, João Paulo Cunha destacou-se na Câmara dos Deputados por sua atuação em defesa de uma Reforma Política capaz de democratizar e aprimorar o sistema partidário e o processo eleitoral brasileiros.

Em seu segundo mandato como deputado em 1999, João Paulo Cunha deu continuidade ao ótimo trabalho pelo aperfeiçoamento do regime político-partidário e fez um mandato democrático e popular, fortalecendo os movimentos sindicais e populares.

Como presidente da Câmara dos Deputados, João Paulo Cunha conduziu a direção da Casa fazendo uma gestão eficiente, democrática e transparente. Afirmando a autonomia e independência do poder legislativo, esteve sempre aberto ao diálogo com o governo do presidente Lula e também com a oposição. Em sua gestão aprovou-se o cargo de líder da minoria e foram retirados os vidros da galeria do Plenário da Câmara dos Deputados, que separavam o povo dos deputados. João Paulo liderou debates de programas fundamentais para o Brasil, e com sua capacidade de articulação e respeito à todas as posições, conseguiu articular consensos para pautar e aprovar projetos que seguem beneficiando os brasileiros.

Após deixar a Presidência da Câmara, João Paulo Cunha seguiu trabalhando e articulando consensos para a aprovação de propostas importantes para o Brasil e os brasileiros.

Em 2006, foi reeleito deputado federal – o mais votado do PT em São Paulo e o segundo do Brasil, com mais de 177 mil votos.

Em 2010, foi reeleito para o quinto mandato de deputado federal, com mais de 255 mil votos novamente, o mais votado do PT em São Paulo.

No congresso, exerceu a presidência da Comissão, a mais importante da Câmara dos Deputados, entre 2011 e 2012, período onde novamente, com sua disposição para o diálogo e capacidade de articulação, ajudou na aprovação de importantes projetos de lei.